本院為具優良傳統與特色的國軍專屬醫院，是國軍軍陣醫學中有關航空醫學研究訓練之重鎮。
民國二十七年創院於昆明，名為「第二空軍醫院」，民國八十七年七月更配合國軍組織精實再造計畫，本院擴編為國軍醫療體系四級醫療單位，現定名為「國軍高雄總醫院岡山分院」。
本院位於高雄市岡山區，處於台南市與高雄市之間，提供南至橋頭，東底旗山，西臨梓官、彌陀、永安等醫療資源貧乏地區的民眾最佳醫療保健服務。自省道或從中山高速公路下岡山交流道前往本院，僅分別約五至十分鐘，因此本院對於車禍傷患、工廠職傷人員和其他急診病患均能提供迅速而有效的急診醫療服務。
本院佔地面積六公頃，建築面積為23,710平方公尺，建築物包含：醫療大樓、動力中心、員工宿舍、廢污水處理場，汽機車停車場、籃球場、太平間及航空生理訓練大樓等硬體設施。其中醫療大樓部份為地面五層、地下一層之建築物，樓層一為門診部、急診室、檢驗科、放射科、掛號室、藥局、服務台。樓層二為手術室、ＩＣＵ、洗腎室、圖書室及行政部門。樓層三～五為各科病房。地下一樓為病歷室、供應中心、藥庫、復健室及餐廳。
本院於民國八十二年經行政院衛生署評鑑為地區醫院。並與國軍左營總醫院、國軍高雄總醫院、高雄醫學院附設醫院、高雄榮民總醫院及高雄長庚醫院建立公保、勞保、農保及民眾病患轉診醫療網。在醫療作業方面，診療服務科別有：內科、外科、骨科、婦產科、眼科、牙科、小兒科、耳鼻喉科、泌尿科、皮膚科、精神科、復健科及高壓氧治療科等。為提升重症病患照護能力，於九十年十一月成立加護病房。病床數有急性病床116床、慢性病床30床，特殊病床40床。另為提升本院醫療水準，本院於九十一年加入台灣醫務管理學會，積極導入THIS研發醫療照護指標，提升醫療品質。
多年來，本院之醫療服務品質已獲得大岡山地區民眾和官兵的肯定，今後本院全體同仁將一本初衷與愛心，積極妥善運用本院現有醫療資源，繼續為大眾提供最完善的醫療服務。
本院未來努力之工作重點：
1.人才的培育：積極督導完成住院醫師送訓計畫，選派各科優秀人員至國內、外進修。
2.更新醫療設施：配合當地醫療需求及本院之發展型態，積極爭取經費購置新式醫療設備儀器，以提高各項診療品質水準。
3.改善各項診療之便民措施：檢討研究改善掛號、取藥及各項診療與檢驗之方式、動線及作業流程，以達更便民及效率之目標。
4.電腦資訊的運用：除擴大電腦於醫院各部門之應用外，將更積極研發各項電腦管理系統並結合網路，以提供更迅速，正確之醫療資訊與服務。
5.加強研究發展：鼓勵院內同仁從事病例研究與論文之著作，並擴大與醫學中心、區域醫院之合作，藉以提升本院臨床技術與研究之水準，並進而朝地區教學醫院之目標前進。
6.醫院公園化：運用適當的造景設施，建構舒適、美觀與安康的就醫環境。